Dentro do programa de DM que foi exposto acima poderiam ser feitas várias otimizações e implementação de um potencial mais realístico. Uma das otimizações que é de fácil implementação é a lista de vizinhos, que consiste em guardar os vizinhos em uma lista de tal forma que no cálculo da força e da energia potencial seria feita somente sobre os vizinhos contidos nesta lista. A lista de vizinhos deixa o código mais rápido pois o cálculo da força e energia potencial não é feita verificando todos as partículas/átomos do sistema.
A implementação consiste em verificar inicialmente quais são os vizinhos do átomos , dentro de um raio de corte maior que o raio de corte do potencial, afim de garantir a inclusão dos átomos dentro do raio de corte do potencial. Esta lista é atualizada somente dentro de um intervalo a ser definido. A lista de vizinhos baseia-se na idéia de que a difusão dos átomos é lenta de tal maneira que no intervalo definido a vizinhança não se alterara, ou seja, fica constante. Como iremos trabalhar com um número pequeno de partículas/átomos não será necessário a implementação, mas para sistemas com grandes números de partículas/átomos é necessário a implementação ou se desejar fique a vontade para implementar e tirar dúvidas.